La guerra de la Independencia es la gran novela de la historia. Las innumerables peripecias que vive Gabriel y su azarosa relación de amor con Inés se entrelazan a la aventura bélica y política en la que España vivió inmersa durante más de seis años. Su relato abarca desde el 21 de octubre de 1805, cuando lucha como grumete en Trafalgar, hasta el 22 de julio de 1812, cuando ya veterano capitán culmina una hazaña de espionaje en los Arapiles, principio del fin de la ocupación francesa.
La guerra de la Independencia reúne la primera serie de los Episodios nacionales de Benito Pérez Galdós: Trafalgar, La corte de Carlos IV, El 19 de marzo y el 2 de mayo, Bailén, Napoleón en Chamartín, Zaragoza, Gerona, Cádiz, Juan Martín el Empecinado y La batalla de los Arapiles.